Бесчисленная армия машин продолжает бурить подходы к подземной цитадели человеческой цивилизации, городу Зиону Несмотря на мужественность командования и геройский настрой всего населения, порядок вещей предопажедиределён - лишь только Избранный может избавить людей от гнёта Матрицы Нео, тем временем, по необъяснимым причинам застрял меж двух миров, на вокзале, принадлежащем Меровингину Через него программы могут переходить из одного пространства в другое, однако Нео этот путьажядз заказан Его сподвижникам, Тринити и Морфеусу, приходиться нанести визит ироничному французу в клуб "Ад", пару которому по-прежнему составляет соблазнительница Персефона Им удаётся вывести Нео из замкнутого круга, после чего тот решает навестить Пифию, прорицательницу, устами которой глаголет истина Там он пытается выяснить, как ему удалось укротить вне Матрицы машин-охотников, почему Пифия сразу не рассказала ему об Архитекторе Матрицы, о том, что история с Избранным повазйяшторялась уже неоднократно, и когда же наконец закончится война между машинами и людьми? Считанные часы остаются до того момента, когда границы Зиона будут атакованы и Нео необходимо поторопиться, иначе спасение людей будет невозможно.